Fakültemiz, 1962 yılında Murat BARIŞTIRAN tarafından, İstanbul Özel Diş Hekimliği Yüksek Okulu adı ile kurulmuştur. İstanbul Üniversitesi’nin öğretim üyelerinden Prof. Dr Sadi IRMAK, Prof. Dr. Sıtkı VELİCANLIGİL ve Prof. Dr. Suat İsmail GÜRKAN’dan oluşan denetim heyetinin teklifleri doğrultusunda, 1963 yılının Kasım ayında Şişli’deki binasında faaliyete geçmiştir. Okul’un ilk müdürü olarak da Prof. Dr. Suat İsmail GÜRKAN görev almıştır.

1965 yılında İstanbul Özel Diş Hekimliği Yüksek Okulu Nişantaşı’nda bulunan yeni binasına taşınmış ve ilk mezunlarını bu binada vermiştir. 1965 – 1972 yılları arasında okul müdürlüğü’ne Doç. Dr. Oğuz BAZ getirilmiştir. 1969 yılında değiştirilen okul yönetmeliği ile eğitim-öğretim yılı 4 yıldan 5 yıla çıkarılmış ve staj sistemi uygulanmasına geçilmiştir.

9 Temmuz 1971 tarihinde 1472 sayılı kanunla okul devletleştirilerek İstanbul İktisadi ve Ticari İlimler Akademisine bağlanmış ve adı Diş hekimliği Yüksekokulu olarak değiştirilmiştir. 1972 – 1978 yılları arasında okulun müdürlük görevine yeniden Prof. Dr. Suat İsmail GÜRKAN atanmıştır.

5 Ağustos 1976’dan itibaren İstanbul Üniversitesi Dişhekimliği Fakültesi’nin Öğretim ve Sınav Yönetmeliği aynen kabul edilerek eğitim sistemi güncellenmiştir. 15 Şubat 1979 tarihinde Diş Hekimliği Yüksekokulu Müdürlüğüne Prof. Dr. İlhan ÇUHADAROĞLU atanmıştır. 1979 – 1980 tarihleri arasında Prof. Dr. Cengiz OKTAY, 1980 – 1981 yılları arasında Prof. Dr. Faruk OR, 1981 – 1982 yılları arasında da Prof. Dr. Bülent BAŞARAN okul müdürlüğü görevini yürütmüşlerdir.

6 Kasım 1981’de çıkartılan 2547 sayılı Yüksek Öğrenim Kanunu ile İstanbul iktisadi ve Ticari İlimler Akademisine bağlı olan Diş Hekimliği Yüksekokulu, 20 Temmuz 1982 tarihinde kurulan Marmara Üniversitesi’ne bağlanarak M.Ü. Diş Hekimliği Fakültesi adı ile yepyeni bir kurum olarak eğitimine devam etmiştir. Eylül 1982 tarihinde ise Prof. Dr İlhan ÇUHADAROĞLU dekan olarak atanmıştır. 1982-1992 yılları arasında Prof. Dr. İlhan ÇUHADAROĞLU, 1992-1998 yılları arasında Prof. Dr. Nesrin EMEKLİ, 1998-2001 yılları arasında Prof. Dr. Övün GÜVENER, 2001-2004 yılları arasında Prof. Dr. Funda YANIKOĞLU, 2004-2007 yılları arasında Prof. Dr. Selçuk BASA, 2007-2010 yılları arasında Prof. Dr. İlknur TANBOĞA, 2010-2014 yılları arasında Prof. Dr. Mahir GÜNDAY, 2014-2024 yılları arasında Prof. Dr. Yasemin ÖZKAN yürütmüştür. 2024 yılında Prof. Dr. Korkut ULUCAN atanmış ve halen görevine devam etmektedir.

2015 yılında halihazırda faaliyet gösterdiği Marmara Üniversitesi Başıbüyük Sağlık Yerleşkesindeki binasına taşınmış, 20.000 m2’lik fiziksel büyüklüğü ve çağdaş teknolojik donanımları ile faaliyetlerini sürdürmektedir.